Dans le cadre du programme de renforcement des infrastructures universitaires de notre pays afin d'augmenter le nombre d'établissements d'enseignement supérieur et d'étendre leur capacité d'accueil, le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique confie, depuis la fin des années 90, à l'Agence Nationale des Equipements Publics, la mission de maîtrise d’ouvrage déléguée pour la construction de ces bâtiments. Ainsi, l'agence a veillé sur la construction de nombreux établissements universitaires, instituts et écoles supérieures sur l'ensemble du territoire national (Facultés des Sciences Juridiques, Economiques et Sociales de Salé El Jadida et Settat, collèges pluridisciplinaires de Khouribga et El Jadida...). Durant les dernières années, l'agence a été chargée de superviser la réalisation d'un certain nombre d'établissements d'enseignement supérieur, dont certains ont été achevés, comme l'Université euro-méditerranéenne de Fès, d'autres sont en phase finale d'achèvement comme les Facultés de Médecine et de Pharmacie de Tanger, Agadir et Laâyoune, et certaines sont en cours de travaux ou d'études.