في إطار برنامج تعزيز التجهيزات الجامعية ببلادنا من أجل الرفع من عدد مؤسسات التعليم العالي الجامعي وتوسيع طاقتها الاستيعابية، تسند وزارة التعليم العالي والبحث العلمي إلى الوكالة الوطنية للتجهيزات العامة، منذ أواخر التسعينات من القرن الماضي، مهمة الإشراف المفوض لبناء هذه المنشآت. وهكذا فقد سهرت الوكالة على إنجاز العديد من المؤسسات الجامعية والمعاهد والمدارس العليا على امتداد التراب الوطني (كليتي العلوم القانونية والاقتصادية والاجتماعية بسلا الجديدة وسطات، كليات متعددة التخصصات بخريبكة والجديدة...). وخلال السنوات الأخيرة، تم تكليف الوكالة بمهمة الإشراف على تتبع بناء عدد من مؤسسات التعليم العالي منها ما تم إنهائها كالجامعة الأور ومتوسطية بفاس ومنها ما هي في المراحل الأخيرة من الإنجاز ككليات الطب والصيدلة بطنجة وأكادير والعيون ومنها ما هي في طور الأشغال أو الدراسة