ترتكز منهجية تحديد الهيكلة التنظيمية للوكالة على المبادئ التالية:

• اعتماد نظام متطور ومحكم لتدبير مشاريع التجهيزات العامة؛
• فصل وظائف اتخاذ القرار والمراقبة وتتبع المشاريع؛
• ترتيب وتبسيط العلاقات بين مختلف مستويات الهيكل التنظيمي؛
• تتعلى المستوى المركزي، إنشاء وتطوير مراكز للخبرة والمساعدة التقنية لأصحاب المشاريع العموميين، تركيز دور المديريات المركزية على الجوانب الاستراتيجية والمراقبة وكذلك تأطير وتوجيه ودعم المصالح الخارجية للوكالة وتعزيز التعاون والتنسيق بين المستويين المركزي والترابي والعمل على شكل شبكة؛
• تعزيز المستوى الجهوي بتزويده بمصالح مختصة قادرة على وضع رهن إشارة الشركاء المحليين، عن قرب، معرفة تقنية ذات مستوى عال تهم كل الإجراءات المتعلقة بمسلسل دراسة وإنجاز مشاريع التجهيزات العامة، تفويض مهام تدبير المشـاريع للتمثيليات الجهوية؛
• تعزيز الجانب التقني للوكالة والارتقاء التقني والتكنولوجي لمصالحها: مواكبة ودعم التطور التقني والتكنولوجي المستمر والمتواصل الذي يعرفه قطاع البناء والأشغال العمومية من خلال بذل جهود لتطوير أساليب وأدوات العمل، التعيير والتنظيم التقني، وتتبع التطور التقني والأبحاث والتجارب من أجل إنعاش وإنجاز بنايات ومنشآت مستدامة؛
• انفتاح الوكالة على محيطها الداخلي والخارجي من خلال خلق قطب مكلف بالتواصل والتسويق العمومي.